Comme il a été exposé dans le premier article de la série (Cognition et représentation - Partie I), supposer des niveaux d’organisation/intégration permet de désigner un niveau d'organisation spécifique que nous avons nommé "psycho-cognitivo-représentationnel", celui dont nous pensons que, selon toute vraissemblance, il est à l'origine des capacités intellectuelles de l'homme. Dès lors, comment étudier la formation de ce niveau ?

La théorie qui donne corps à l'hypothèse du niveau psychologique cognitivo-représentationnnel est celle des niveaux d'organisation/intégration et de l'émergence. Dit très brièvement, c'est une ontologie dans laquelle les modes d’existence se forment de manière autonome, à partir du niveau d’organisation de complexité inférieure. L'émergence est un concept qui désigne la formation d'un mode d'existence par filiation et complexification.

Si on applique ce principe à l'homme et plus précisément à son système nerveux, on peut considérer qu'il existe dans le du système nerveux des niveaux d'organisation de complexité croissante. En particulier, au sein du cerveau, à partir d'une complexification suffisante, apparaît un niveau supérieure à celle du traitement de l'information (au sens du traitement des signaux). L'émergence qui se produit permet la différenciation de ce que nous nommons le niveau psychologique.

Le niveau à considérer naît du fonctionnement neurophysiologique/neurosignalétique, par un degré supplémentaire de complexification, permettant un saut qualitatif dans les propriétés. Ses composants se forment au moment où les éléments codés du signal neurobiologique se mettent en relation par auto-organisation. Il se forge alors des entités autonomes, possédant des qualités qui leur sont propres. L'ensemble de ces entités constitue le psychologique. L'émergence permet d'expliquer comment il peut y avoir à la fois une filiation à partir du niveau neurosignalétique et une autonomie du niveau représentationnel.

Autrement dit, nous soutenons que le niveau neurologique et le niveau neurosignalétique sont insuffisants pour comprendre l'homme et qu'il faut tenir compte d'un degré de synthèse organisatrice supplémentaire, nommée de manière générique le psychologique. Concevoir le mode concerné en terme d'émergence, c'est dire que les éléments du mode psychologique les plus élémentaires sont composés à partir de ceux du neurosignalétique, mais qu'il n'y sont pas réductibles sans reste, car leur organisation stable amène des propriétés originales.

Au sein de cette entité, par réorganisations successives, se constituent diverses strates et systèmes, que seule la recherche permettra de désigner progressivement. Ce niveau n’est pas uniforme, il comporte de nombreux systèmes différents. 

Dans la mesure où il s'agit d'une approche entièrement nouvelle, nous ne pouvons que donner quelques indications sommaires sur la manière d'envisager des recherches. L'idée générale serait de repérer la jonction entre les deux niveaux d'organisation les proches neurosignalétique et cognitivo-informationnel .

Deux voies de recherche sont possibles et souhaitables, l'une descendant en complexité (complexité décroissante) et l'autre montant en complexité (complexité croissante), la première partant des aspects factuels décrits et théorisés par les sciences de l'homme, la seconde partant des aspects neurobiologiques décrits et théorisés par la théorie des réseaux et la théorie du signal. Si on arrive à expliciter leur jonction cela permettra de définir précisément comment se produit le passage d'un niveau à l'autre.

L'épistémique des niveaux d'organisation, qui fait office d'heuristique, donne ici une valeur programmatique pour la recherche. Elle permet de faire un projet, même si le niveau de connaissance actuel est encore très loin de fournir les données appropriées. L'énorme avantage de cette conception, c'est qu'il fait sortir des antagonismes habituels (dont la forme la plus agressive est l'éliminativisme) et pousse à envisager, plus qu'une coopération, une véritable jonction de toutes les connaissances concernées.

Dans son application la plus précise, c'est la recherche des éléments "générateurs" et des éléments "natifs",  ou en termes anthropomorphiques des  "parents" et des  "enfants". Les "parents" sont les aspects neurosignalétiques les plus complexes dont l'assemblage produit des totalités autonomes. Une fois autonomisés ces ensembles devenus indépendants, constituent par combinaison les "enfants", qui sont les éléments les plus simples du niveau représentationnel. Il y a assurément plusieurs familles, c'est-à-dire plusieurs types de "parents" et "d'enfants". Les éléments natifs des diverses familles se regroupent pour former de nouvelles totalités, qui vont former les aspects du représentationnel identifiés par les diverses sciences de l'homme. Le nombre de systèmes représentationnels est très grand et le nombre de leurs interactions encore plus. On ne peut que prendre en considération quelques-uns d’entre eux, jugés prépondérants dans la situation donnée.

Les sciences de l'homme ont déjà défriché le terrain et apporté des données intéressantes. L'étude passe donc tout naturellement par l'intermédiaire des disciplines déjà constituées que sont la linguistique, l'anthropologie culturelle, la psychologie cognitive, la psychanalyse. Il y a aussi une raison de fond à cet appui sur les différentes sciences de l'homme. Au vu de l’ampleur du champ psychologique, qui couvre aussi bien les conduites pratiques, sociales, que la pensée et le langage, il est évident qu'il n’est pas uniforme. Il est probable que la différenciation des sciences de l'homme, qui s'est constituée historiquement, correspond à ces différences. Nous partons donc du principe que, par leurs méthodes propres, les sciences de l'homme existantes construisent une approche empirique des produits des systèmes psychologiques à l'œuvre.

Pour décrire les éléments natifs du niveau représentationnel, il faut une démarche simplificatrice, réduisant les composants jusqu'au moment où les éléments constitués pourront être mis en rapport avec des ensembles de types neurosignalétiques (ceux qui seront constitués par la démarche complémentaire). Nos éléments représentationnels doivent garder leur existence propre et les propriétés qui les caractérisent. Il n'y a pas de limite précise, à part celle de ne pas sortir du niveau considéré. On peut donc raffiner progressivement les éléments à considérer jusqu'à trouver les éléments et processus élémentaires.

La tâche complémentaire est de déterminer les éléments neurosignalétiques qui assemblés peuvent s'autonomiser. La condition est qu'ils puissent  former des ensembles stables pouvant interagir avec d'autres ensembles du même type et produire ainsi des propriétés nouvelles (différentes des propriétés neurosignalétiques). Des  interactions naissent des manifestations factuelles qui caractérisent le niveau de complexité supérieur nommé représentationnel.

Il faut accepter à un moment donné d'avoir une vision holistique (non analytique-réductionniste) pour comprendre l'émergence du niveau psycho-représentationnel et de ses qualités propres. Le point difficile et crucial du raisonnement est celui-là. Si l'on n'admet pas qu'il puisse se constituer par auto-organistion une entité complexe qui ait une existence propre, on retombe dans la conception philosophique habituelle qui engendre une impossibilité à saisir l'apparition (l'émergence) des différences. L'idée du psycho-représentationnel est fondé sur le principe émergentiste de constitution d'éléments d'un type nouveau, issus d'autres moins complexes. Il implique d'admettre, sur le plan ontologique, l'apparition de modes d'existence autonomes dans le monde. La constitution d'entités représentationnelles ayant une autonomie produit un échappement par rapport au support neurobiologique, échappement qui est crucial et sans lequel le représentationnel n'aurait pas ni existence, ni autonomie nomologique. Il serait réductible au neurosignalétique. 

La recherche ascendante passe par celle des aspects neurobiologiques qui peuvent être candidats en vue de constituer les éléments natifs générateurs du représentationnel. Ils sont nécessairement complexes. Pour Jacques Neirynck, "Les neurosciences proposent que les réseaux neuronaux corticaux parviennent à générer [des] représentations en travaillant ensemble" (Introduction aux réseaux neuronaux, p. 150). La seule manière de les "générer" est qu'ils émergent, c'est-à-dire s'autonomisent et prennent une individualité qui permette de les considérer autrement.

Dans le temps de l’évolution individuelle le représentationnel se construit. Il est insignifiant à la naissance et se développe plus ou moins selon les individus. Il est sans cesse en construction et en évolution (parfois en involution). Il n’est donc pas "toujours déjà-là", mais toujours en formation et re-formation. Concernant sa formation chez l'enfant on peut la situer vers l'âge de deux ans, lorsque le cerveau à atteint une complexification suffisante.  Comment le sait-on ? Rien ne permet de supposer des représentations chez le très jeune enfant. Ce n'est qu'à partir d'un certain âge que les conduites d'imitation, le jeu, la conservation de l'objet la stabilité  l'acquisition du langage font supposer l'existence de représentations et de processus les concernant.

L’émergence du niveau psychologique se produit lors du fonctionnement neurobiologique et n’aboutit pas à quelque chose d’indépendant, qui persisterait hors de ce fonctionnement. La persistance se produit tant que le fonctionnement neurologique se produit. S’il cesse, le représentationnel cesse. C’est une potentialité s’actualisant ou se réactualisant en permanence.

Avec le niveau psychologique on est devant quelque chose qui n’a pas d’équivalent dans le reste du monde. Il est potentiellement contenu dans le neurobiologique, mais il est aussi autonome (il a ses propres règles de fonctionnement). On pourrait parler d’émergence fonctionnelle pour noter ce rapport étrange de dépendance autonome. L' existence de cette entité est variable au fil du temps individuel puisqu'elle se constitue lors de l'enfance. Pour que ce niveau émerge une maturation cérébrale et en rapport avec l'environnement est nécessaire.

Le niveau psycho-représentationnel ne produit pas la totalité des activités humaines. Par contre, il est indispensable pour expliquer les conduites complexes et les activités intellectuelles.